明教的组织结构无疑是极权主义的，也可以说教主领导下的中央极权制。这个中央由教主、光明左右使组成，处于候补地位的是四大护教法王以及五散人，四大护教法王与五散人可能也参与中央决策。教主由前任教主指定，就小说中反映的来看，教主的衣钵传承并不是父传子这样的，从这来看这体现了一种民主。当然中土明教做为一种宗教组织在教主之位上的并非世袭也是宗教的习惯，然而在这方面并没有因为明教也沾染了中华文化固有的恶习而改变可以看出明教之所以能成事，教内民主也是一个不容忽视的因素，要知道，多少起义与反叛都是因为组织内的不民主而分崩离析或是中途夭折。
明教的组织应该说是严密的并且长期保持了很好的隐蔽性，为革命积蓄了力量。这套组织里的职位权限明晰，很好的保障了政令的畅通。同时在保障教主高度集权的同时，下属的各个职责又是相互形成监督与制约的机制。光明左右使虽然地位最高但对四大护教法王与五散人并没有行政上的约束力，而且后者对前者起着明显的牵制作用。这四大护教法王与五散人起着参赞军政要务以及弹劾监督的作用，类似政府中的殿阁大学士，法王与散人虽无正式职掌但应该可以接受教主的指派处理军政要务，由于法王与散人都是能力与武功极高之人因而对维持权力格局平衡意义重大。
明教的中央部队是五行旗，五行旗的主管领导是掌旗使，从书中反映出的五行旗的战斗力是非常强大的，而且五行旗是五个不同兵种的部队，各自都有着本身属性的超强专属武器。从书中反映来看，这五行旗使的职位虽低于光明左右使以及法王与散人们但是并不受光明左右使的领导，军队的领导权显然是直接归教主拥有，倘若归光明左右使节制的话，杨逍不至于在阳顶天死后对五行旗毫无影响力而造成中央的分崩离析。在中央武装外还有一支卫戍部队，那便是天地风雷四门，这只部队显然是中央的警卫部队，该部队由光明左使直接领导，显然这只部队是光明左使，或是杨逍的可以做大的资本，也是杨逍能占据光明顶，小觑其他权臣的资本，然而由于教主之位传承的不确定性以及并非按职掌待位的传统，应而光明左使想要独揽大权，谋逆篡位也不大容易。
正因为明教很好的维持了权利平衡制约原则导致在教主阳顶天意外身亡且下属又看不到他的遗嘱后竟然选不出一个合适的教主，也因为没有权利因意外需要转换的机制致使明教经历了二十多年因群龙无首差点毁于一旦。不过这种状况也产生了一个好处，那就是分离出去的天鹰教实际上也壮大了明教的力量，由于有着强有力的思想凝聚力，明教是形散神不散，当张无忌横空出世后，一切都回复正常。
明教的地方组织是各地的分坛，分坛也有着各自的武装组织，否则韩山通、刘福通、徐寿辉这些地方组织领导如何能有起义的资本。
明教教众都有着坚定的理想与信念，都有着英雄主义精神，否则当恶尼灭绝师太率领一帮伪道义主义者大肆诛杀五行旗的好汉们的时候定会有诸多的叛徒。书中写道，“洪水旗中一人叫道。庄旗使殉教归天，锐金、烈火两旗退走，洪水旗断后。烈火旗中旗号一变。应命向西退却，但锐金旗众人竟是愈斗愈狠，谁也不退。”，洪水旗中那人又高声叫道：“洪水旗唐旗使有令，情势不利，锐金旗诸人速退。日后再为庄旗使报仇。”，锐金旗中数人齐声叫道：“请洪水旗速退，将来为我们报仇雪恨。锐金旗兄弟，人人和庄旗使同生共死。”。这是怎样的阶级情义，兄弟情义，团体情义，几百年后我们看到的那许多已经令我们反胃的电影中的那些场面也不过如此吧。
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